Equipe com grande tradição em Taça Libertadores, chegou em 4 finaisPor muito pouco não se tornou a primeira equipe brasileira a conquistar o título quando, em 1961, perdeu por 1 a 0 para o Peñarol em Montevidéu antes de empatar por 1 gol em São Paulo, em partida realizada no Pacaembu.
Em 1968, após perder a primeira partida para o Estudiantes por 2 a 1, venceu a equipe argentina por 3 a 1 no Pacaembu. Naquela época o regulamento não considerava o saldo de gols como critério para desempate, o que provocou a realização de uma partida de desempate, em Montevidéu, que termicou com vitória do Estudiantes por 2 a 0.
Em 1999, enfim veio o título após uma campanha espetacular, quando eliminou o então campeão da competição Vasco da Gama, o grande rival Corinthians, no dia em que nasceu para o mundo São Marcos, e o temido River Plate com direito a uma goleada por 3 a 0 em casa. Como se já não bastasse, o título só veio após muito sofrimento na partida final frente ao Deportivo Cali, em uma inesquecível disputa por pênaltis.
No ano seguinte, em 2000, por muito pouco conseguiu o bicampeonato. Após eliminar novamente o seu grande rival alvinegro, o Corinthians, em outra emocionante disputa por pênaltis, foi derrotado na final pelo Boca Juniors também nas penalidades máximas.
Em 2001, na última grande campanha, novamente foi eliminado pelo Boca Juniors, desta vez nas Semifinais.
13 participações na Taça Libertadores
- 1961: vice-campeão (9 equipes participantes)
- 1968: vice-campeão (21 equipes participantes)
- 1971: 3° colocado (21 equipes participantes)
- 1973: 7° colocado (19 equipes participantes)
- 1974: 11° colocado (21 equipes participantes)
- 1979: 12° colocado (21 equipes participantes)
- 1994: 13° colocado (21 equipes participantes)
- 1995: 5° colocado (21 equipes participantes)
- 1999: campeão (23 equipes participantes)
- 2000: vice-campeão (34 equipes participantes)
- 2001: 3° colocado (34 equipes participantes)
- 2005: 16° colocado (38 equipes participantes)
- 2006: 14° colocado (38 equipes participantes)
190 pontos ganhos
128 jogos disputados
67 vitórias
23 empates
38 derrotas
237 gols pró
152 gols contra
58,28% aproveitamento de pontos
Texto: José Renato Sátiro Santiago Junior